Al principio, la idea de las hermanas era localizarse en una zona marginal de la capital donde se encontraba la mayoría de personas con VIH reportadas e iniciar un proyecto piloto en una parroquia, pero mientras buscaban un lugar para instalarse fueron recibiendo invitaciones de sacerdotes y religiosas para desarrollar talleres de información básica del VIH, y de esa forma según la necesidad, automáticamente el trabajo Arquidiocesano se adelantó al trabajo local.

A principios de 1994, se inició con el desarrollo de talleres de información básica de VIH de un día  a grupos parroquiales, promotores/as de salud, jóvenes, mujeres, catequistas, grupos de encuentros matrimoniales, seminaristas y religiosas. Todos los talleres se han desarrollado con metodología participativa. Desde el inicio fue claro que se trabajaría con objetivos de largo plazo enfocando la dignidad de cada persona y el amor verdadero, promoviendo que los/as participantes hagan un compromiso para encontrar nuevas opciones.

En junio de 1994, el Equipo fue reconocido como Equipo Arquidiocesano Contra el SIDA por el Vicario de Pastoral Padre Jaime Paredes y presentado al clero de la Arquidiócesis por el Arzobispo de esa época, Monseñor Arturo Rivera y Damas. En ese mismo año, CONTRASIDA junto con otras Instituciones, participó en una capacitación para la educación preventiva del VIH con privados y privadas de libertad.  A raíz de esta capacitación se inició un programa de talleres holísticos de 9 sesiones en el Centro penal La Esperanza (penal más grande y con más internos del país) y en el Centro de readaptación de mujeres Ilopango.

Desde el inicio también, una de las fundadoras (Hna. Mary) ha venido  brindado consultas médicas en la cual brindaba atención integrada a Personas con VIH, y partiendo de la base del servicio Cristiano de la Iglesia. Al mismo tiempo las dos fundadoras brindaban acompañamiento pastoral a las personas con VIH que recibían consulta médica, visitándoles en el hospital o en sus casas según la necesidad. El contacto cercano con las personas con VIH, daba a ellas el sentido de urgencia por extender los esfuerzos en la prevención de la epidemia antes de que esta estallara. A partir de ese momento, se incorporó la experiencia de vida de una persona con VIH en los talleres de educación preventiva brindados por CONTRASIDA, con el propósito de transmitir esa misma urgencia por la prevención a los/as participantes.

Desde el principio, se identificó la necesidad de buscar una metodología innovadora y atractiva para el trabajo con jóvenes y fue así como en octubre de 1995 inició la formación de un grupo piloto de teatro juvenil contra el VIH con 15 jóvenes de la Pastoral juvenil de 14 a 20 años de edad en la parroquia local (Asunción Paleca de Ciudad Delgado).

En 1996, CONTRASIDA en coordinación con el Comité Regional de Salud, organizó el primer Encuentro Centroamericano de multiplicadores/as en el tema de VIH con enfoque en adolescentes del área rural. Desde entonces hasta la fecha se ha organizado un encuentro Centroamericano cada 2 años, en el que se invitan a diferentes instituciones que trabajan a nivel nacional  y Centro Americano en el tema de VIH.

En 1996 surgió PREVENSIDA, una red de organizaciones no-gubernamentales que trabajan en el tema del VIH, que  aun está funcionando de la cual CONTRASIDA es  co-fundadora.

Desde 1997 hasta el 2000, CONTRASIDA organizo cada año en el mes de mayo una Vigilia de solidaridad mundial con las personas viviendo con VIH y sus familiares.

En 1997  se fundó el grupo de colaboradores/as de  CONTRASIDA, quienes ayudaban a organizar la primera Vigilia, y después de haber recibido los talleres de capacitación en buena escucha y tanatología, empezaron a brindar un acompañamiento pastoral  a las personas con VIH en sus casas.  Actualmente los/as voluntariados/as incluyen multiplicadores/as, jóvenes de los grupos de teatro, visitadores/as domiciliarias.

De 1998 hasta la fecha, CONTRASIDA ha organizado cada año Misas de Solidaridad en diferentes lugares en el Marco del Día Mundial de la Lucha Contra el SIDA, con el objetivo de recordar a las personas que han fallecido a causa del sida.

En enero del año 2000, CONTRASIDA abrió su propia clínica de atención integrada a personas con VIH, instalándose en una clínica parroquial de la Arquidiócesis de San Salvador. Desde el 2004, la Fundación Circulo Solidario y el párroco Sigfredo Salazar de la parroquia San Sebastián de Ciudad Delgado prestaron a CONTRASIDA las instalaciones de una clínica para atención a personas viviendo con VIH que presta mejores condiciones para dar atención a los/as usuarios/as.

El trabajo poco a poco se fue ampliando de acuerdo a la necesidad, por lo que se sustituyó el nombre original de Equipo Arquidiocesano Contra el SIDA por FUNDACIÓN SALVADOREÑA PARA LA LUCHA CONTRA EL SIDA, MARIA LORENA - CONTRASIDA, pues su población meta ya no era únicamente la Arquidiócesis de San Salvador si no todo el país y el equipo de trabajo necesitaba personería jurídica para poder solicitar fondos a agencias donantes, ya que al inicio se gestionaba financiamiento a través del Arzobispado de San Salvador y al ir creciendo el proyecto se nos oriento para que pudiésemos solicitar nuestra personería jurídica.

En 2004 se inició el trabajo con hombres, con  procesos de talleres de Masculinidades y VIH,  los cuales han sido documentados hasta la fecha.

A lo largo de estos 23 años se ha acumulado una gran experiencia en el trabajo de prevención de VIH y acompañamiento pastoral a personas con VIH. CONTRASIDA ha sido la primera institución en formar a grupos de multiplicadores y multiplicadoras para la prevención del VIH, ha formado a diferentes grupos parroquiales, comunidades y centros escolares  del país.  En los últimos años la fundación ha logrado que algunos obispos de otras diócesis del país nos contacten para ofrecerles procesos a sus seminaristas que están en formación lo que ha generado que estos seminaristas nos contacten posteriormente para ofrecer talleres en las comunidades donde ellos están realizando su trabajo pastoral.